2199年，地球被外星伽米拉斯帝国入侵。 加米拉斯在冥王星上建立了一个前线基地，用行星炸弹不分青红皂白地攻击地球。 海洋蒸发，地球变成红褐色，放射性污染杀死了地球上的所有生命。 人类建造了地下城市，组建了地球防卫军，但在科学优势面前，他们束手无策。 最后一支地球防御舰队在冥王星空域与伽米拉斯太空舰队的交战中被摧毁，看起来似乎人类生存的所有希望都已丧失。 然而，在这场海战中，一艘来自外太空的宇宙飞船在火星上坠落，一个通讯舱被找到了。 舱内有伊斯坎达尔发来的信息，让他来取走放射性清除装置科斯莫清洁器D，以及航行所需的波浪发动机的蓝图。 被秘密改装成太空战舰的大和号配备了波浪运动引擎，其目的也从逃离地球变为接收宇宙清洁器D。在14.8万光年之外，太空战舰大和号前往大麦哲伦星系的伊斯坎达尔，如果它在一年内没有返回，人类将在那里灭亡。 大和号是人类的最后希望。 大和号在前往伊斯坎达尔星球的途中，与加美兰帝国作战，克服了未知空间的障碍。